墨字朱印以外の色を使用している御朱印をまとめてご紹介。 
書置きのみの場合もあります。また、常に頂けるとは限りません。

北畠神社
山形県天童市荒谷421
鳥海月山両所宮
山形県山形市宮町3-8-41
【干支変動あり】
日光二荒山神社
栃木県日光市山内2307
日光二荒山神社
栃木県日光市山内2307
【瀧尾神社】
日光二荒山神社
栃木県日光市山内2307
【本宮神社】
別雷皇太神
茨城県水戸市元山町1-1-57
水戸八幡宮
茨城県水戸市八幡町8-54
世良田東照宮
群馬県太田市世良田町3119-1
【徳川家康公式年】
日枝神社
東京都千代田区永田町2-10-5
天祖神社
東京都港区六本木7-7-7
【授与日限定】
榊神社
東京都台東区蔵前1-4-3
烏森神社
東京都港区新橋2-15-5
高木神社
東京都墨田区押上2-37-9
愛宕神社
東京都江東区大島2-15-4
東照宮
東京都台東区上野公園9-88
【授与日限定】
上神明天祖神社
蛇窪大明神
東京都品川区二葉4-4-12
上神明天祖神社
蛇窪大明神
東京都品川区二葉4-4-12
【9月限定】
熊野神社
東京都世田谷区自由が丘1-24-12
【季節変動あり】
東郷神社
東京都渋谷区神宮前1-5-3
【キティちゃん御朱印帳専用】
東郷神社
東京都渋谷区神宮前1-5-3
氷川神社
東京都豊島区高田2-2-18
【通常色】
氷川神社
東京都豊島区高田2-2-18
【期間限定色】
氷川神社
高田姫稲荷神社
東京都豊島区高田2-2-18
氷川神社
目白豊坂稲荷神社
東京都豊島区高田2-2-18
七社神社
東京都北区西ケ原2-11-1
【季節変動あり】
綾瀬稲荷神社
東京都足立区綾瀬4-9-9
夫婦木神社姫の宮
山梨県甲府市猪狩町300
【紅葉を貼付】
金神社
岐阜県岐阜市金町5-3
御金神社
京都府京都市中京区
西洞院通御池上ル押西洞院町
賀茂御祖神社
京都府京都市左京区下鴨泉川町59

寺社 所在地 備考
川口氷川神社 埼玉県川口市青木5-18-48
福徳神社 東京都中央区日本橋室町2丁目4−14 授与日限定
日吉神社 東京都昭島市拝島町1-10-19
大稲荷神社 神奈川県小田原市城山1-22-1 愛宕神社、錦織神社
難波神社 大阪府大阪市中央区博労町4-1-3
八大神社 京都府京都市左京区一乗寺松原町1