限定御朱印に力は入れておりませんが、参考程度にご紹介。 

日光二荒山神社
栃木県日光市山内2307

良い縁まつり期間中
世良田東照宮
群馬県太田市世良田町3119-1

徳川家康公式年
天祖神社
東京都港区六本木7-7-7

1月1~15日及び毎月辰の日
東照宮
東京都台東区上野公園9-88

ぼたん苑開苑中のみ牡丹印追加
小野照崎神社
東京都台東区下谷2-13-14

6月30日・7月1日のみ
上神明天祖神社
蛇窪大明神
東京都品川区二葉4-4-12

9月中のみ
氷川神社
東京都豊島区高田2-2-18

平成27年の7月と9月中
波除稲荷神社
東京都中央区築地6-20-37

書置:毎月7日・月替わり
若宮八幡宮
金山神社
神奈川県川崎市川崎区大師駅前2-13-16

かなまら祭
宇治上神社
京都府宇治市宇治山田59

書置:秋限定
宇治上神社
京都府宇治市宇治山田59

書置:秋限定
荘内神社
山形県鶴岡市馬場町4-1

書置:荘内大祭(8月)限定「侍」
戸越八幡神社
東京都品川区戸越2-6-23

書置:月一御朱印(1日は朱印帳可)
戸越八幡神社
東京都品川区戸越2-6-23

書置:8月限定(日曜は朱印帳可)
五所駒瀧神社
茨城県桜川市真壁町山尾503

秋の桜川さんぽ限定
千葉神社
千葉県千葉市中央区院内1-16-1

書置:正月限定
千葉神社 千葉天神
千葉県千葉市中央区院内1-16-1

書置:正月限定

戸越八幡神社
東京都品川区戸越2-6-23

8月限定
戸越八幡神社
東京都品川区戸越2-6-23

8月限定
桜木神社
千葉県野田市桜台210
【1月限定】



時期 寺社名 所在地 備考
毎月 高麗神社 埼玉県日高市新堀833 月替わり
毎月 1日 福徳神社 東京都中央区日本橋室町2丁目4−14
毎月 18日 豊国神社 愛知県名古屋市中村区中村町木下屋敷 金文字朱印
毎月 辰の日 天祖神社 東京都港区六本木7-7-7 初穂料1000円
毎月 庚申縁日 高麗神社 東京都豊島区巣鴨4-35-1 巣鴨猿田彦庚申塚
1月 蛇窪大明神 東京都品川区二葉4-4-12
1月 生国魂神社 大阪府大阪市天王寺区生玉町13-9 えと朱印
1月 1~3日 牛天神北野神社 東京都文京区春日1-5-2 金文字朱印(高木神社、太田神社も)
1月 1~5日 八坂神社 京都府京都市東山区祇園町北側625 美御前社
1月 1~15日 天祖神社 東京都港区六本木7-7-7 初穂料1000円
1月 7日 波除稲荷神社 東京都中央区築地6-20-37 七福神(?)
1月 24、25日 亀戸天神社 東京都江東区亀戸3-6-1 初天神
1月 1日~2月3日 川越氷川神社 埼玉県川越市宮下町1-11-3 開運
1月 1日~2月3日 千葉神社 千葉県千葉市中央区院内1-16-1 初詣
2月 1~3日 烏森神社 東京都港区新橋2-15-5 節分
2月 節分 長田神社 兵庫県神戸市長田区長田町3-1-1 節分
2月 7日 波除稲荷神社 東京都中央区築地6-20-37 大黒天大祭用朱印
2月 午の日 王子稲荷神社 東京都北区岸町1-12-26 凧市
2月 午の日 装束稲荷神社 東京都北区王子2-30-13 凧市
2月 初午の日 三輪里稲荷神社 東京都墨田区八広3-6-13 初午祭
2月 初午の日 十番稲荷神社 東京都港区麻布十番1-4-6 初午祭
2月 二の午の日 千束稲荷神社 東京都台東区竜泉2-19-3 初午祭
2月 第2土曜~3月第2日曜 亀戸天神社 東京都江東区亀戸3-6-1 梅まつり
3月 3日 烏森神社 東京都港区新橋2-15-5 ひな祭り
3月 7日 波除稲荷神社 東京都中央区築地6-20-37 恵比寿大祭用朱印
4月 蛇窪大明神 東京都品川区二葉4-4-12
4月 7日 波除稲荷神社 東京都中央区築地6-20-37 七福神(大黒天?)
4月 中旬~5月上旬 上野東照宮 東京都台東区上野公園9-88 ぼたん苑開苑中のみ
4月 17日 芝東照宮 東京都港区芝公園4-8-10 大祭祈願
4月 24~5月5日 亀戸天神社 東京都江東区亀戸3-6-1 藤まつり
5月 4~6日 烏森神社 東京都港区新橋2-15-5 例大祭
5月 7日 波除稲荷神社 東京都中央区築地6-20-37 七福神(恵比寿?)
5月 15~17日 浅草神社 東京都台東区浅草2-3-1 三社祭
6月 夏至 二見興玉神社 三重県伊勢市二見町江575 夏至祭
6月 6日 都久夫須麻神社(竹生島神社) 滋賀県長浜市早崎町1665 三社弁才天祭
6月 7日 波除稲荷神社 東京都中央区築地6-20-37 弁財天大祭用朱印
6月 9日近くの土日 鳥越神社 東京都台東区鳥越2-4-1 鳥越祭り
6月 10~30日 烏森神社 東京都港区新橋2-15-5 夏越大祓
6月 23日~24日 愛宕神社 東京都港区愛宕1-5-3 ほおづき縁日
6月 30日~7月1日 小野照崎神社 東京都台東区下谷2-13-14 お山開き
6月 30日~7月1日 駒込富士神社 東京都文京区本駒込5-7-20 お山開き
6月 30日~7月1日 十条富士神社 東京都北区中十条2-14 お山開き
7月 八坂神社 京都府京都市東山区祇園町北側625 御霊会
7月 1~7日 浅草神社 東京都台東区浅草2-3-1 夏詣
7月 1~7日 烏森神社 東京都港区新橋2-15-5 七夕まつり
7月 七夕 牛天神北野神社 東京都文京区春日1-5-2 金文字朱印(高木神社、太田神社も)
7月 7日 波除稲荷神社 東京都中央区築地6-20-37 七福神(毘沙門天?)
7月 最終土日 羽田神社 東京都大田区本羽田3-9-12 例大祭
8月 7日 波除稲荷神社 東京都中央区築地6-20-37 七福神(寿老人?)
8月 下旬の土日 十番稲荷神社 東京都港区麻布十番1-4-6 麻布十番納涼まつり
9月 蛇窪大明神 東京都品川区二葉4-4-12
9月 7日 波除稲荷神社 東京都中央区築地6-20-37 七福神(福禄寿?)
9月 11~21日 芝大神宮 東京都港区芝大門1-12-7 大祭祈願
9月 15日 穴八幡宮 東京都新宿区西早稲田2-1-11 例大祭
9月 18日 豊国廟 京都府京都市東山区今熊野阿弥陀ケ峯町 秀吉公命日
9月 22日~24日(西暦偶数年) 愛宕神社 東京都港区愛宕1-5-3 出世の石段祭
10月 体育の日 穴八幡宮 東京都新宿区西早稲田2-1-11 流鏑馬
10月 7日 波除稲荷神社 東京都中央区築地6-20-37 七福神(布袋尊?)
11月 7日 波除稲荷神社 東京都中央区築地6-20-37 好きな七福神のご朱印1枚
11月 一の酉の日 十番稲荷神社 東京都港区麻布十番1-4-6 一の酉
11月 二の酉の日 十番稲荷神社 東京都港区麻布十番1-4-6 二の酉
11月 酉の日 大森鷲神社 東京都大田区大森北1-15-12 酉の日
11月 28日 小網神社 東京都中央区日本橋小網町16-23 どぶろく祭
11月 談山神社 奈良県桜井市多武峰319 神廟
12月 7日 波除稲荷神社 東京都中央区築地6-20-37 弁財天大祭用朱印