| No. | 名前 | 必要なバージョン | 備考 |
| 001 | フシギダネ | ファイアレッド・リーフグリーン | カントー御三家 スタート時にフシギダネ、ヒトカゲ、ゼニガメから1匹選択 |
| 002 | フシギソウ | ファイアレッド・リーフグリーン | 【Lv16でフシギダネから進化】 |
| 003 | フシギバナ | ファイアレッド・リーフグリーン | 【Lv32でフシギソウから進化】 |
| 004 | ヒトカゲ | ファイアレッド・リーフグリーン | カントー御三家 スタート時にフシギダネ、ヒトカゲ、ゼニガメから1匹選択 |
| 005 | リザード | ファイアレッド・リーフグリーン | 【Lv16でヒトカゲから進化】 |
| 006 | リザードン | ファイアレッド・リーフグリーン | 【Lv36でリザードから進化】 |
| 007 | ゼニガメ | ファイアレッド・リーフグリーン | カントー御三家 スタート時にフシギダネ、ヒトカゲ、ゼニガメから1匹選択 |
| 008 | カメール | ファイアレッド・リーフグリーン | 【Lv16でゼニガメから進化】 |
| 009 | カメックス | ファイアレッド・リーフグリーン | 【Lv36でカメールから進化】 |
| 144 | フリーザー | ファイアレッド・リーフグリーン・XD | 伝説のポケモン（カントー） XDではスナッチで入手 |
| 145 | サンダー | ファイアレッド・リーフグリーン・XD | 伝説のポケモン（カントー） XDではスナッチで入手 |
| 146 | ファイヤー | ファイアレッド・リーフグリーン・XD | 伝説のポケモン（カントー） XDではスナッチで入手 |
| 150 | ミュウツー | ファイアレッド・リーフグリーン | 伝説のポケモン（カントー） |
| 151 | ミュウ | GBA版全種 | 幻のポケモン（配布） |
| 152 | チコリータ | エメラルド・XD | ジョウト御三家 エメラルドではホウエン図鑑完成後チコリータ、ヒノアラシ、ワニノコから1匹選択 XDではシナリオモードバトル山100人抜きの御褒美 |
| 153 | ベイリーフ | エメラルド・コロシアム・XD | 【Lv16でチコリータから進化】 コロシアムではスナッチで入手 |
| 154 | メガニウム | エメラルド・コロシアム・XD | 【Lv32でベイリーフから進化】 |
| 155 | ヒノアラシ | エメラルド・XD | ジョウト御三家 エメラルドではホウエン図鑑完成後チコリータ、ヒノアラシ、ワニノコから1匹選択 XDではシナリオモードバトル山100人抜きの御褒美 |
| 156 | マグマラシ | エメラルド・コロシアム・XD | 【Lv14でヒノアラシから進化】 コロシアムではスナッチで入手 |
| 157 | バクフーン | エメラルド・コロシアム・XD | 【Lv36でマグマラシから進化】 |
| 158 | ワニノコ | エメラルド・XD | ジョウト御三家 エメラルドではホウエン図鑑完成後チコリータ、ヒノアラシ、ワニノコから1匹選択 XDではシナリオモードバトル山100人抜きの御褒美 |
| 159 | アリゲイツ | エメラルド・コロシアム・XD | 【Lv18でワニノコから進化】 コロシアムではスナッチで入手 |
| 160 | オーダイル | エメラルド・コロシアム・XD | 【Lv30でアリゲイツから進化】 |
| 243 | ライコウ | ファイアレッド・リーフグリーン・コロシアム | 伝説のポケモン（ジョウト） ファイアレッド・リーフグリーンではライコウ、エンテイ、スイクンのうちどれか1匹が出現 コロシアムではスナッチで入手 |
| 244 | エンテイ | ファイアレッド・リーフグリーン・コロシアム | 伝説のポケモン（ジョウト） ファイアレッド・リーフグリーンではライコウ、エンテイ、スイクンのうちどれか1匹が出現 コロシアムではスナッチで入手 |
| 245 | スイクン | ファイアレッド・リーフグリーン・コロシアム | 伝説のポケモン（ジョウト） ファイアレッド・リーフグリーンではライコウ、エンテイ、スイクンのうちどれか1匹が出現 コロシアムではスナッチで入手 |
| 249 | ルギア | ファイアレッド・リーフグリーン・XD | 伝説のポケモン（ジョウト） ファイアレッド・リーフグリーンでは配布のみ XDではスナッチで入手 |
| 250 | ホウオウ | ファイアレッド・リーフグリーン・コロシアム | 伝説のポケモン（ジョウト） ファイアレッド・リーフグリーンでは配布のみ コロシアムでは対戦モードバトル山100人抜きの御褒美 |
| 251 | セレビィ | GBA版全種 コロシアム(初回特典拡張ディスク) |
幻のポケモン（配布） コロシアム初回特典の拡張ディスクで入手可能 |
| 252 | キモリ | ルビー・サファイア・エメラルド | ホウエン御三家 スタート時にキモリ、アチャモ、ミズゴロウから1匹選択 |
| 253 | ジュプトル | ルビー・サファイア・エメラルド | 【Lv16でキモリから進化】 |
| 254 | ジュカイン | ルビー・サファイア・エメラルド | 【Lv36でジュプトルから進化】 |
| 255 | アチャモ | ルビー・サファイア・エメラルド | ホウエン御三家 スタート時にキモリ、アチャモ、ミズゴロウから1匹選択 |
| 256 | ワカシャモ | ルビー・サファイア・エメラルド | 【Lv16でアチャモから進化】 |
| 257 | バシャーモ | ルビー・サファイア・エメラルド | 【Lv36でワカシャモから進化】 |
| 258 | ミズゴロウ | ルビー・サファイア・エメラルド | ホウエン御三家 スタート時にキモリ、アチャモ、ミズゴロウから1匹選択 |
| 259 | ヌマクロー | ルビー・サファイア・エメラルド | 【Lv16でミズゴロウから進化】 |
| 260 | ラグラージ | ルビー・サファイア・エメラルド | 【Lv36でヌマクローから進化】 |
| 377 | レジロック | ルビー・サファイア・エメラルド | 伝説のポケモン（ホウエン） ※シンオウでのレジギガス捕獲のためにレジロック・アイス・スチルの3匹が必要 |
| 378 | レジアイス | ルビー・サファイア・エメラルド | 伝説のポケモン（ホウエン） ※シンオウでのレジギガス捕獲のためにレジロック・アイス・スチルの3匹が必要 |
| 379 | レジスチル | ルビー・サファイア・エメラルド | 伝説のポケモン（ホウエン） ※シンオウでのレジギガス捕獲のためにレジロック・アイス・スチルの3匹が必要 |
| 380 | ラティアス | ルビー・サファイア・エメラルド | 伝説のポケモン（ホウエン） ルビーでは配布のみ エメラルドではラティアス、ラティオスから1匹選択、選択しなかった側は配布に |
| 381 | ラティオス | ルビー・サファイア・エメラルド | 伝説のポケモン（ホウエン） サファイアでは配布のみ エメラルドではラティアス、ラティオスから1匹選択、選択しなかった側は配布に |
| 382 | カイオーガ | サファイア・エメラルド | 伝説のポケモン（ホウエン） |
| 383 | グラードン | ルビー・エメラルド | 伝説のポケモン（ホウエン） |
| 384 | レックウザ | ルビー・サファイア・エメラルド | 伝説のポケモン（ホウエン） |
| 385 | ジラーチ | GBA版全種 | 幻のポケモン(配布) 北米版ポケモンコロシアム予約特典から入手可能(北米版のGC本体がいる) |
| 386 | デオキシス | ファイアレッド・リーフグリーン | 幻のポケモン（配布） |
| No. | 名前 | 必要なバージョン | 備考 |
| 466 | エレキブル | ファイアレッド | エレキブースターを持っている野生のエレキッドを出現させるため |
| 467 | ブーバーン | リーフグリーン | マグマブースターを持っている野生のブビィを出現させるため |
| 名称 | 入手法 | おや | ID | 初期 LV |
備考 |
| ミュウ | 映画引換券 | ハドウ(♂♀) | 50716 | 10 | |
| 〃 | ふるびたかいず | （各プレイヤー） | --- | 30 | さいはてのことうで出現 (野生なので親・IDはプレーヤーに依存) |
| ルギア | しんぴのチケット | （各プレイヤー） | --- | 70 | へそのいわで出現 (野生なので親・IDはプレーヤーに依存) |
| 〃 | XDでリライブ | （各プレイヤー） | --- | 50 | XDのルギアは改造でなくても 通常では覚えない技を２つ覚えているので注意すること |
| ホウオウ | しんぴのチケット | （各プレイヤー） | --- | 70 | へそのいわで出現 (野生なので親・IDはプレーヤーに依存) |
| 〃 | コロシアムバトル山100人抜き | バトルやま(♂) | 10048 | 70 | 1セーブデータに1匹 プレイしなおすことで複数入手可能 |
| セレビィ | コロシアム予約特典ディスク | アゲト(♀) | 31121 | 10 | リライブした数だけ入手可能 (合計48) |
| 〃 | '06年ジャングルツアーズ配布 | ミツリン(♂/♀) | 60720 | 10 | IDは横浜会場･大阪会場･名古屋ポケセン･福岡ポケセン･札幌ポケセン (他会場配布個体の照合請う) |
| ジラーチ | 映画引換券 | ネガイボシ(♂は確認) | 30719 | 5 | |
| 〃 | 抽選 | タナバタ | 40707 | 5 | |
| 〃 | だいすきクラブ抽選 | タナバタ | 50707 | 5 | ポケモンフェスタ2005で配布 |
| 〃 | だいすきクラブ抽選 | タナバタ | 60707 | 5 | ポケモンセンター各店で配布 |
| デオキシス | 映画引換券(オーロラチケット) | （各プレイヤー） | --- | 30 | たんじょうのしまで出現 (野生なので親・IDはプレーヤーに依存) |
| マナフィ | ポケモンレンジャーから転送 | (各プレイヤー) | --- | 他のとは違い、青いタマゴから孵化する |
